本文分成三个部分，第一部分从独立董事制度的起源(产生的目的)、独立董事的本质特征“独立性”的内涵、及独立董事在公司治理结构中的作用来阐述独立董事制度是保护小股东权益的基石，明确独立董事对小股东权益的保护不是直接的而是通过其监督功能，监督内部董事和管理层来发挥保护小股东权益作用的。

第二部分从我国上市公司“一股独大”的股权结构特点及我国特色的“内部人控制”来阐明我国上市公司的小股东权益更容易受到损害;从我国公司治理结构中关于监事会具体规定中存在的缺陷来阐明我国的公司治理结构对受损害的小股东权益无从救济;从而推论出我国上市公司引进独立董事制度来保护小股东权益的必要性。同时，在这部分也叙述了独立董事在我国的发展，指出我国独立董事在实践上走在了制度的前面。并阐述了我国目前的独立董事制度，虽然在规范上市公司运作、使决策民主化及加强上市公司监督方面发挥了一定的作用，在一定程度上保障了小股东的权益，但由于存在对独立董事的作用认识不清定位不准、缺少法源基础、独立董事制度的推行没发挥企业的自身作用和市场力量、独立董事和监事会等机构的关系有待理顺、独立董事的责任和回报不相称、独立董事的独立性、知情权和工作时间得不到保证等问题，使我国上市公司的独立董事没有发挥好保护小股东权益的应有作用，更多的是在智囊与咨询方面发挥着积极的作用。

第三部分是笔者从完善独立董事制度以保护小股东权益的角度提出的若干建议。包括建立公正的提名机制、采用“累积投票制”、保障独立董事的独立性、增加独立董事人数以加强小股东的代言力度等措施从程序规制上确保独立董事真正代表小股东权益;通过加强独立董事的激励机制、保证独立董事的知情权、明确独立董事的法律责任等措施从实体规制上明确独立董事保护小股东权益的权利义务;通过整合独立董事与监事会的功能定位、改变国有股“一股独大”的格局、培育独立董事的人才市场等措施为独立董事保护小股东权益创造环境条件。