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自2009年下半年以来，税企之间围绕着建筑业企业所得税的纳税地点、管理方式、预缴征收率等事项纷争不断，今年国税函[2010]156号文件发布后，虽然解决了不少争议问题，但仍有一些执行问题让很多建筑业纳税人以及基层税务征管人员为之困惑
建筑业企业所得税凸显七大疑难问题
争议一：地方政府项目所在地征税的冲动与建筑企业汇总纳税的争议
2009年以来，建筑业税企争议的主要源头是地方政府以国税发[2008]28号文件系列文件，特别是国税函[2009]221号文件的第一条第四款：“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》[国税发[2008]28号]的相关规定”为依据，向建筑业的分公司和项目部征收企业所得税。
2008年以前，跨地区经营的建筑企业所得税征收管理，执行《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》[国税发[1995]227号]规定，开具外出经营活动税收管理证明，由所在地主管税务机关一并计征所得税。
总局所得税司2009年4月24日在国家税务总局网站上答网友提问时也强调在新规定未出台之前，此规定继续执行。
建筑业与其他行业不同，流动性是它最大的特点，大中型建筑企业必须跨地区经营才能生存下去。而且工程施工必须要有一定资质，因此只能以总机构名义从事生产经营。建筑业税企争议，反映了以国税发[2008]28号为主导的总分机构系列文件存在局限性，不能有效解决建筑业跨地区经营税收问题。
建筑业纳税人是否一定要适用国税发[2008]28号以及配套的相关文件如国税函[2009]221号呢?
解决此争议惟有釜底抽薪，规定建筑业企业不适用国税发[2008]28号和国税函[2009]221号等相关文件，代之在法人所得税的框架下，以国税发[1995]227号、国税函[2010]156号文件为基础，制定专门的《建筑业企业所得税管理办法》，以此来规范建筑业企业所得税的征缴工作。由此大多争议可迎刃而解。
争议二：《外出经营活动税收管理证明》由哪个税务机关出具的争议
国税函[2009]156号文规定：跨地区经营的项目部[包括二级以下分支机构管理的项目部]应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》[以下简称《外管证》]。
而《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]第三十二条“纳税人到外县[市]临时从事生产经营活动的，应当在外出生产经营以前，持税务登记证向主管税务机关申请开具《外出经营活动税收管理证明》”。
目前二级分支机构外出经营大都由分支机构主管税务机关出具《外管证》，营业税相关规定也是如此。今年开始，二级机构外出经营要在主管税务机关和总机构税务机关开出两个以上外管证[总机构国地税、二级机构国地税]，到项目所在地报验用哪个才行?到国税报验还是到地税报验?或两个税务局都要报验?
总机构、二级及以下分支机构、项目部以及三地的三至六个主管税务机关都很困惑。
解决此争议还应按照《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]规定处理。《外管证》是属于《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]规范的内容，其作用主要是解决纳税人到劳务发生地报验登记问题。二级机构外出经营被要求到总机构开具《外管证》实无必要。即使从方便纳税人的角度出发，也应执行《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]关于《外管证》的规定。由二级机构及以下分支机构主管税务机关开出一个《外管证》，到项目所在地有税收管辖权的主管税务机关报验。
争议三：项目部按0.2%预分所得税，如数额较大，而总机构亏损，总机构税务机关不予退税争议
既然规定了企业预分所得税，就应有畅通的退税渠道。目前形势下，向没有得到税收的总机构地方政府和主管税务机关申请退税，是不容易被总机构管理部门所能接受的。总机构退税往往被搁置。
对此问题，《安徽省国税局省地税局转发国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》皖国税发[2010]129号规定：“省内跨市、县经营建筑企业汇总计算的年度实际利润额为负数，但存在总机构直接管理的跨市、县设立的项目部预缴企业所得税款入库的，项目部所在地主管税务机关，应使用企业预缴税款的原预算科目和预算级次及时办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度的预缴税款。”项目部征的税由项目部退税，这一规定比较合理，可以借鉴，也是未来解决此争议的途径。