《农民专业合作社法》规定加入农民专业合作组织的社员享有“入社自愿、退社自由”的权利，虽然农村土地股份合作社与农民专业合作社有所不同，不受该法的调节，但农村土地股份合作社的成立也是建立在土地承包经营权主体自愿基础上的，不得强制要求农民将土地承包经营权入股。《农村土地承包法》也规定了土地承包经营权流转的主体是承包方，承包方有权依法自主决定土地承包经营权是否流转和流转的方式。另外，农民专业合作组织主要经营对象是农产品，加入专业合作组织的社员要退出合作社可以以货币形式进行结算，能将其财产及股权收益从合作社中分割出来，而农村土地股份合作的基础是土地使用权，农民将土地作为股份参与土地股份经营，一般情况下是集体统一规划经营，或者由集体统一用于项目开发，由于其不具有分割性，难以恢复原状，农民要收回其土地，该怎么分割?如果不要求收回土地，那么土地财产到底该怎么核算?这是一个难题。西南政法大学曹兴权教授分析指出：“村民从入股的那一天起，他们的土地承包经营权就已经转让了，就已经和公司一道承担风险。如果公司经营不善，农民想退股怎么办?按照《公司法》的规定，股份不能退只能转让。如果公司倒闭，按照《破产法》的规定，债务人必须用现行所有财产清偿所有债务。这也就意味着，作为股东的农民，土地承包经营权就永远地失去了”。因此，土地股份合作社的退社自由其实并不自由，而且这种行为存在一定的社会风险。