农地股份合作制为实现多元主体利益目标提供了有效的制度平台，促进了农民增收。但是农地股份合作制运行是有条件的，并不是所有地区都适用土地股份合作制。
1、效益是土地股份合作的根本。运作土地股份合作主要有两种目的，一是进行规模种植，实现规模效益;二是进行二三产业开发经营，获取建设用地的土地增值收益和经营效益。比较这两种方式，获取土地增值收益能更有效推动土地股份合作制的发展，依靠纯农业种植的方式所取得的收益并不能满足合作制发展的有效需求。广东南海市(现在的佛山市)自1993年起，已先后建立农村股份合作组织1870个，其中以村委会为单位组建集团公司191个，占全部总数的近80%，以村民小组为单位组建的股份合作社1678个，占99.8%。但建立了股份制有分红的村只有34个，仅占17.8%，有分红的股份合作社974个，仅占52%。因此，如果土地没有更高的利润收益，股份合作社运作就会面临困难，即便建立起来以后，如果仍然从事低水平的农业种植经营，土地的经济效益不高，合作社则很难实现分红，股民也不能通过合作社实现增收，合作社则失去了存在的意义。
2、制度成本制约土地股份合作发展。对照部分地IX~地股份合作社章程等可以看出，从组建、成立到运作、收益分配等环节，有着很强的专业程序和运行机制。比如，股权设置上，对土地股的折算、资金技术股的标准及其它股权的衡量都很难准确规定，对股权分配上也很难科学设置。合作社机构组成人员素质参差不齐，对组织机构顺利运行有一定的影响。另外，股权收益分配程序比较复杂，加入或退出合作社的成员，其股权收益分配及决算等方面更为复杂。许多地区的土地股份合作制在股份设置中包含了集体股和个人股、资金股和技术股等名目不一的股份，各地因地区特点其设置股份的程序、种类和原则也不尽一致，由此可见，土地股份合作制所追求的多重目标从根本上决定了其运行成本很高。
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