资质管理不适应发展要求。目前，我国施工总承包企业的资质定位与实际需求差距甚大，资质管理标准带有浓厚的部门管理色彩。主要表现在以下三个方面：
资质划分过细。在现行的35种资质类别中，有23种是按国务院有关部门的业务管辖内容划分的。过细的类别划分，形成了行业壁垒，使得相近专业的施工能力得不到发挥和发展，影响了企业的市场开拓，弱化了企业功能的发挥。
资质与实力不符。一些由政府部门转变形成的企业，由于生存压力小，介入市场不深，除了牌子以外一直没有达到与总承包企业相称的能力。另外，我国专项分包企业资质标准尚未制定，因此，劳务型企业无法注册登记，绝大部分企业都来争夺施工总承包资质。达不到条件的，特别是新企业、小企业就采用大联合、挂靠等办法攀附资质条件，所以，相当数量的中小企业名不副实。
资质管理措施不能充分体现优胜劣汰原则。资质管理措施的核心是动态管理，应严格按资质标准和规定办理，该升的升，该降的降。但在资质管理操作过程中，企业升级难，降级也难。基本上是低级别企业降级易，高级别企业降级难。
产业结构不尽合理。2005年我国建筑施工企业平均每家企业的施工规模仅为1.95万平方米。这一方面使企业极难实现规模与利润同步增加，另一方面造成大量企业为同一工程过度竞争，导致无效工作和隐形失业增加。很多企业营业额增加了，利润却在下降。也正是由于产业集中度过低、投资导向及行业壁垒等历史原因，我国大多数国有建筑企业的产业结构是平台型的，仅是在比较简单的单项工程或某一专业专项工程中进行低层次的重复竞争——大、中、小企业都在相同的平台上，以相同的组织形式、相似的管理方式及相近的生产水平，仅是以价格差异作为主要手段进行非有效竞争，甚至恶性竞争。这导致很多企业经营规模做得很大，经济效益却无法上升，企业的综合实力亦很难提高。产业集中度不高使我国建筑业始终存在着总包不强，分包不专，劳务市场滞后、混乱的现象。这种产业结构不可能适应建筑业的行业特点和生产力发展规律，也不能建立正常的建筑市场秩序。由于存在这些弊端，至今建筑业二级市场发展缓慢，施工企业分包工程只能对专业承包公司，专业承包公司再选用劳务公司。最终导致多头管理，道道设卡，层层剥皮。
施工总承包企业现代企业管理制度不完善。我国的施工总承包企业具有特级或者一级资质的大多数都是国有企业，近几年虽然加大了改革、改制力度，但是在改革过程中困难重重，改革步伐缓慢，很多企业并未真正地建立起现代化管理制度。在改制过程中大多数施工企业未能结合企业实际情况制定符合现代企业管理要求的章程，原则性条文多，可操作性条文少，实际运行中存在制度与实际运作两张皮的现象，操作过程中无章可循，致使企业章程没有发挥应有的作用。部分企业没有建立起法人治理结构。没有现代化的企业管理制度做支撑，不能从根本上满足施工总承包管理的需要。
项目管理粗放。管理机制不健全、不规范。从项目管理的具体操作上来看，许多企业仍然残留着传统的施工管理模式，并没有将工作重点转移到管理上来。我国很多施工任务是由施工总承包企业将劳务队和自有机械设备、自供材料组织起来完成的，专业化程度低，劳务队伍素质不稳定，技能水平较低，总承包企业要花费大量的人力和资源进行劳务管理，总包方的管理水平也被牵制。由于缺乏完善的专业化分包体系，工程项目管理还处于粗放型阶段。项目经理有很大的经营权力和独立性，虽然这样能够最大限度地调动项目经理的积极性，有利于项目管理的展开，但这种带有小生产特征的项目责任制形式，难以发挥集团公司的规模效应和资源优势，在形成管理合力方面存在很大的局限性。
资金不足易成发展瓶颈。在施工总承包项目中，资金往往成为制约项目顺利进行的瓶颈。在项目上资金的流入主要是工程款的支付，资金的流出主要是工程材料采购、劳务采购、专业分包采购以及发生的其他管理费用。由于资金流入比资金流出滞后，项目上有时会发生短期资金支付困难的情况。资金链不能很好地运转易带来一系列不良后果。这一点对于资金实力不强的企业，特别是抗风险能力不强的中小企业来说具有相当大的杀伤力。
深入开展施工总承包管理的几点建议
完善政策法规，创造良好的市场环境。各级建设行政主管部门要转变观念，强化服务意识，加强对建筑业发展的规划和产业政策的研究，加强法律法规建设，建立健全与市场经济相适应的管理体制。应该以《建筑法》《建筑企业资质管理规定》和其他法律法规为基础，不断细化，完善法律体系建设，规范施工总承包的市场行为。
要建立现代市场体系，彻底打破行业垄断和地区封锁，培养全国统一、开放、竞争有序的建筑市场。进一步完善招标投标制度，调整强制性招标的范围;逐步实现非政府投资项目在不影响公共安全和公众利益的前提下，增加业主对招投标选择的自主权。有形建筑市场还应健全计算机管理系统，拓展服务功能。建立和完善工程险、安装工程险和工程质量保险制度，用经济手段规范市场主体行为。建立全国联网的工程建设信用体系，向社会公布各类施工企业、中介机构和各类注册执业人员的业绩以及违法违规行为，实施信用监督和失信惩戒制度，促进建筑市场秩序的良性发展。
加强资质管理。资质分类宜粗不宜细，要减少内部障碍，给企业发展留出较大的空间，使之能够充分发挥优势和潜力，最终通过竞争来催生一批建筑业的航空母舰。资质管理要适当放宽，鼓励有资金、人才、技术实力的企业进入。资质管理应能够使符合工程需要的企业迅速进入，同时促进专业化企业的发展。
资质管理要给企业造成危机感，使企业时时注意提高自身实力、管理水平、技术能力、工程质量，否则，就被降级或淘汰。国外施工企业和其他行业的企业相比，倒闭率最高，而在我国却是倒闭率最低的行业之一。资质条件中个人技术资格是基础，但在这方面，我国建筑业还有较大差距。如果没有个人技术资格的基础，整个行业素质将大打折扣，出了问题也不易追究责任者。
优化升级产业结构。建筑业企业要以市场为导向，结合自身优势，加快经营结构的调整。施工总承包企业要拓宽服务领域做大做强，专业承包公司要突出主业做精做专，形成特色，逐步形成由总承包、专业承包和劳务分包等企业组成的承包商体系。
近年来我国建筑企业发展速度很快，一大批大型建筑企业正在迅速成长起来。但企业一味追求规模扩张，往往会破坏供求平衡，最终导致建筑业整体产能过剩。而通过企业重组可以维持目前的产能水平不变，不但可以避免生产力的盲目发展，而且还可以减少竞争者的数量，改善产业结构，提高竞争效率。企业的重组有两种方式：一是纵向重组，与具有项目建设前期融资、设计能力或后期运营能力的企业重组。纵向重组能使建筑企业提早介入工程建设过程，使自己处于有利的竞争地位，同时，还能提高企业的技术水平，增强技术开发能力，提高自身竞争层次。二是横向重组，是指与具有不同资质和不同专业特色、在不同的市场领域中占有一定优势的建筑企业间的重组。横向重组对建筑企业会产生规模效应和财务协同效应，能够较好地满足建筑业企业的发展需要。2005年我国建筑业水陆两大巨头——中国港湾建设(集团)总公司与中国路桥(集团)总公司合并重组为中国交通建设集团股份有限公司，总资产达700亿人民币。中国交通建设集团股份有限公司拥有35家全资子公司、20家控股公司和两家上市公司，规模效益和竞争优势更加强大，对更好地整合和优化交通建设资源，提升企业的核心竞争力，做大做强交通建设企业，早日跻身世界500强都具有重要的推动作用。此次企业重组是注销了原来的两家企业后重新设立了中交股份，这种方式在建筑业国有资产重组中尚属首次，是实施大公司大企业集团战略的一次有益实践。
全面提高施工总承包管理水平。在项目施工总承包管理中要坚持“法人管项目”的理念，规范施工总承包管理行为。要以合同为依据，明确总分包的责、权、利。总承包对业主负总责，分包对总承包负责;总承包对分包实行统一组织、协调和监督，理顺总承包、分包、监理和业主之间的关系，理清各自的责、权、利，真正树立起“小业主、大监理、总承包”的管理理念。分包单位则要根据合同规定，向合同段派驻项目经理和劳务作业单位，接受总承包管理。总承包单位负责全权处理与业主的经济关系，为分包单位提供高效、高质量的服务，并对业主全面负责，配合并接受监理工程师的监督，对分包商进行进度、质量、费用和安全四大控制。
加强对专业人才的培养。建筑企业要充分发挥作用，以在建工程项目为载体，借助高、大、精、尖工程项目的高端效应，培养一大批企业所需要的专业人才，以适应国内外工程建设市场的需要。