注册环保工程师资格考试由基础考试和专业考试两部分组成。基础考试合格并符合规定的专业考试报名条件的，可参加专业考试。专业考试合格后，方可获得《中华人民共和国注册环保工程师资格证书》。
基础考试分 2 个半天进行，各为4个小时。专业考试分专业知识和专业案例两部分内容，每部分内容均为2个半天，每个半天均为3个小时。