(一)申请
1.申请人
(1)土地他项权利变更登记申请人是土地他项权利关系人。
(2)土地使用权抵押期间，抵押合同的项目内容发生变更的，申请人为抵押人和抵押权人。
经抵押权人同意，抵押的土地使用权依法转让的，申请人为抵押人、抵押权人和受让人。
抵押合同期满，续签抵押合同的，申请人为抵押人和抵押权人。
(3)土地使用权出租期间，租赁合同的项目内容发生变更的，申请人为出租人和承租人。 土地使用权出租期间依法转让的，申请人为出租人、承租人和受让人。 土地使用权出租期满，续签出租合同的，申请人为出租人和承租人。
(4)依法继承土地他项权利的，申请人为原土地他项权利关系人和继承人。
(5)其它形式土地他项权利变更的，申请人为当事人。
2.申请时限
根据《土地登记规则》第四十三条至第四十七条规定：
(1)土地使用权抵押期间，抵押合同的项目内容发生变更的，申请人应当在抵押合同发生变更之日起15日内，申请变更登记。 经抵押权人同意，抵押的土地使用权依法转让的，申请人应当在申请办理土地使用权转让登记的同时，申请变更登记。 抵押合同期满，续签抵押合同的，申请人应当在期满之日起15日内，申请变更登记。
(2)土地使用权出租期间，租赁合同的项目内容发生变更的，申请人应当在租赁合同发生变更之日起15日内，申请变更登记。 土地使用权出租期间依法转让的，申请人应在申请办理土地使用权转让登记的同时，申请变更登记。 土地使用权出租期满，续签出租合同的，申请人应在期满之日起15日内，申请变更登记。
(3)依法继承土地他项权利的，申请人应在办理继承手续之日起30日内，申请变更登记。
(4)其它形式的土地他项权利变更，申请人应当在变更事实发生之日起30日内，申请交更登记。
3、土地他项权利变更登记应提交的权属证明文件
(1)原抵押合同、租赁合同等;
(2)原《国有土地使用证》、《集体土地使用证》、《土地他项权利证明书》;
(3)变更后的抵押合同、租赁合同、遗嘱等;
(4)有关批准文件;
(5)其他证明文件。
(二)权属审核
1.申请人应与合同签订各方一致。
2.抵押合同、租赁合同等变更的内容应符合国家的有关规定。
3.依法继承土地他项权利的继承手续应完备。
(三)注册登记与核发证书
土地他项权利变更登记不涉及土地所有权和使用权的变更，因此，土地他项权利变更登记不需报人民政府批准，经土地行政主管部门批准后，即可直接注册登记。
1.土地他项权利变更登记的注册登记在宗地原《土地登记卡》上进行。
2.收回并注销原《土地他项权利证明书》，依据《土地登记卡》对土地使用者的土地使用证(《国有土地使用证》或《集体土地使用证》)进行记录和更改，填制新的《土地他项权利证明书》，并由土地登记机关把更改后的土地使用证和新填制的《土地他项权利证明书》分别核发给土地使用权人和土地他项权利人。