帕拉采尔苏斯认为一切物质都是活体，并且都在自然过程中趋于完善,而人们为了实现自己的某种目的,可以加速或改造这种过程。例如，人们能够调整贱金属体内失调的硫与水银的比例，使之“健康”、完美而变为贵金属。关于人体，他认为小宇宙(人体)与大宇宙是极相似的，其本质与万物一样，都是一个化学体系，由三要素所控制，医生的任务就是使失调的人恢复人体内三要素的平衡，他力主采用矿物药。

帕拉采尔苏斯和他的弟子们通过对矿物药剂的制备和性质、疗效的研究，探讨了许多无机物的分离、提纯手段，进行了一些无机合成的实验，总结了它们的性质，做了分类。他们在这些研究中逐步清除了很多炼金术的神秘色彩，丰富了人们的化学知识，带动了很多医生研究化学。他本人就区分过白矾和胆矾，研究过二氧化硫的漂白作用，描述过铁和硫酸作用而产生某种气体，通过冷冻法浓缩过葡萄酒。帕拉采尔苏斯从根本上改变了医学和化学的发展道路。