在支持科技发展改革和创新型国家建设方面，公共财政具有义不容辞的责任。多年来，特别是“十一五”期间，财政部门始终把支持科技创新摆在公共财政的重要位置。
一是投入总量快速增加。“十一五”时期，全国财政科学技术累计支出1.37万亿元，是“十五”时期的2.8倍。
二是积极落实《规划纲要》重点任务。“十一五”时期，共安排国家自然科学基金292亿元，安排973计划、863计划和国家科技支撑计划经费695亿元。
三是建立健全财政科技经费管理新机制。优化投入结构，着力加大对科研机构、国家重点实验室以及公益性行业科技的稳定支持力度，初步建立了与竞争性经费相协调的机制。
四是努力完善科技创新财税政策。从税收激励、金融支持、政府采购、知识产权、人才培养等方面，健全完善激励科技创新的财税政策体系，为科技创新营造良好政策环境。
“十二五”时期，财政部门将进一步加大对科技创新的支持力度。
一是完善投入机制，推动创新体系协调发展。加大财政科技投入力度，确保法定增长。完善与竞争性经费相协调的稳定支持机制，有效发挥科研机构、基地和高校的作用。注重对农业等事关民生的科技和文化科技等的支持，优化基础研究、应用研究、试验发展和成果转化的投入结构。创新投入方式，带动风险投资等社会资本，加快形成多元化、多层次、多渠道的科技投入体系。
二是积极运用财税政策，促进科技与经济紧密结合。落实企业研发费用税前加计扣除政策，改进企业研发费用计核办法，落实高新技术企业相关优惠政策。加大国有资本经营预算对自主创新的支持力度，加大对中小企业、微型企业技术创新和相关公共服务平台的财政支持。实施国家科技成果转化引导基金，综合运用创业投资基金、贷款风险补偿和绩效奖励等方式，推动科技成果转化。
三是加强科技经费管理，促进资源高效利用。推进预算公开，强化科研经费监督管理。优化科技资源配置，加强顶层设计，完善协调机制和联合评议机制，促进科技资源合理规划布局和共建共享共用。推进科技经费绩效评价制度，注重对各类科技计划、基金、工程等专项经费的综合绩效评价，提高资金使用效益。