面对会计集中核算带来的影响，审计人员应及时研究，采取切实可行的措施和办法，充分发挥审计的职能作用。为此，提出如下对策：
(一)调整审计机关内部分工管理办法，在同级会计核算中心设立派出机构，全面开展事中审计监督
审计机关在会计核算中心设立派出机构，应对在会计核算中心集中核算的所有单位的收支情况进行审计。审计可以与收支同步进行，全面开展事中审计，同时协助审计机关内部各专业审计，对涉及到在会计集中核算中心的有关事项进行审计查证。或者明确规定，审计机关内部各专业审计涉及到在会计集中核算中心核算的有关事项的审计查证，全部由派出机构负责。这样进行审计分工后，派出机构与各专业审计的工作各有侧重。审计机关内部各专业审计的工作更多侧重在各单位查“活账”，即侧重审计那些在会计账簿上未作完全明了、真实反映的，却与会计账目密切相关的一些经济事项。这样调整以后，不仅可以彻底消除同一审计机关可能有多个审计组在会计集中核算机构进行审计的情况，同时还可以大大加强审计监督的及时性，从而加大审计监督的力度。
(二)适当调整相关的审计程序，使审计程序更加切合实际
审计机关在同级会计核算中心设立的派出机构，全面开展事中审计，并且适当调整审计机关内部各专业审计的工作分工。相应地，审计程序也必须有所变化。主要思路是：在每年年初对所有在会计核算中心进行会计集中核算的单位下达审计通知书，平时发现问题及时提出整改意见，在每年年终将情况提供给审计机关内部各专业审计部门，结合其在外围实施的审计情况，写出审计报告，出具审计意见和决定。这样调整变化有几个好处：一是扩大了审计监督的覆盖面，一般来说，有多少行政事业单位实行了会计集中核算，就有多少个单位实实在在地、及时地接受了审计监督，审计覆盖面扩大;二是调整后的这种内部分工协作，可有效地提高审计工作效率，降低审计成本;三是能更好地发挥审计的职能作用，事中审计可及时发现违规违纪苗头，纠正不当行为。四是可以与现行的审计法所规定的一年一度必须开展的财政预算执行情况审计和决算审计，以及预算外资金管理和使用情况的审计同步，所提出的审计报告和作出的审计结论意见，可直接用于当年的财政同级审，使之相得益彰。
(三)改进审计方法，调整审计重点，提升审计执行水平
在审计方法上，要针对会计集中核算形成的新的特点，出现的新情况，不断探索总结，积极改进审计方法，注意在以下几个方面做好工作：一是审计中更加注重内部控制的测评，多从单位的内部控制制度入手实施审计。以往对行政事业单位的审计中对内部控制制度的测评运用得较少，实行会计集中核算后，增加了会计核算中心这一控制环节，这些单位的管理更加依赖内部控制，内部控制也将发挥出更多更大的作用，审计应更多地注重内部控制制度的测评和审计;二是审计机关内部各专业审计部门注意与审计机关在同级会计核算中心设立的派出机构加强联络，做到各负其责，又不相互脱节。各专业审计和派出审计机构对同一单位的审计，实际上是同一审计过程的两个环节，其分工协作十分重要。有关审计情况的交流和工作联络，可以充分运用审计机关内部的计算机网络进行;三是更加注重审前调查和日常情况的掌握，要做到对被审计单位的情况了如指掌;四是注意协调处理好全面审计和突出重点的相互关系;五是更加注重对疑点事项的及时延伸审计;六是更加注意对“活账”的审计。
在审计重点上，要针对参预会计集中核算单位各自所具有的特点，分别确定其审计重点，可一个单位建立一个档案，不断完善，不断充实，这样有利于审计时对症下药，同时也有利于派出机构的审计人员工作岗位变化后，新来的审计人员能尽快掌握情况，进入审计角色，不影响正常的审计工作。审计的重点可围绕以下几个方面进行确定;一是在收入的审计上，注重对收入项目、标准的执行情况以及收入的管理情况的审计;二是在支出的审计上，注重对大额资金流向尚未在会计核算中心进行会计核算的单位的审计;三是对审计对象的确定上，注重对未来在会计核算中心进行会计核算的其他单位的经济往来活动的审计以及所属表外单位的审计;四是注重对账实相符性的审计。
(四)加强“人、法、技”的建设，提高整体素质
审计机关“人、法、技”的建设是审计机关建设和发展的一个永恒主题。但是，在不同时期，不同的历史条件下会有所侧重。为应对会计集中核算的变化，审计机关在“人、法、技”的建设上应注意侧重于以下方面：
1.更加注重审计人员综合素质的培养和提高。培养和提高审计人员的综合素质，关键在于抓好审计人员的继续教育。应结合会计集中核算对审计的影响，更加注意培养审计人员对会计集中核算的观察能力和创新能力，积极探索适应会计集中核算的审计模式和方法。要提高文化素质、业务素质和法律政策水平，在实践中，更加注重审计人员文化、业务和法律知识的更新，提高运用计算机审计的实践能力，努力造就审计复合人才。
2.在法制建设上，注重高起点，综合性和全面性。首先，搞好审计自身的法律法规的建设，当务之急应修订现行的《审计法》，突出解决以下问题：一是对《审计法》所规范的审计程序作适应会计集中核算影响变化的相关调整，作出明确规定，使之有法可依;二是对审计机关在同级会计核算中心设立派出机构作出明确的规定，并对其开展事中审计职责、方式、方法等进行明确;三是增加相应的审计执法手段，进一步强化审计职能，改变以往审计面对一些经专业判断可能存在重大问题，而审计手段又无法取得更充足的证据来证明其存在问题，只得移送纪检、监察进行追查，或最终不了了之的状况，在修订审计法规时，应增加审计在面对“活账”及其有关经办人的一些障碍时，可以使用更多更强硬的审计执行手段来保证审计工作的实施;四是应赋予审计机关可通知财政、银行实施扣缴的权力，并将依据审计决定实施扣缴规定为财政、银行的法定义务，有效保证审计监督的实施。其次，积极参加调研，推动有关会计集中核算的高层次的法律法规出台。为改变目前会计集中核算没有统一的法律法规规定的现状作出积极的贡献。第三，建立完善审计举报制度，增加信息获取渠道，更加广泛地获取审计线索。为审计监督和其他监督提供更多更准确的信息。第四，制定条款明晰、切实可行、卓有成效的责任追究制度，以制度来约束和制止不利方面，以制度来促进相关事业的发展，充分发挥制度的制约和保障机制作用。
3.全面提升审计机关的计算机水平。首先明确目标，改进审计人员，特别是基层审计人员人工检查、手工作业的现状，把基层审计人员掌握和熟练运用计算机的技能培训作为当务之急，把计算机技术与审计有机结合并广泛运用于审计工作作为具体目标，抓实、抓细。使各级审计机关计算机网络的硬件建设水平得到一次全面的提升，也使审计人员运用计算机审计的水平有一次较全面的提升，不断向更高层次发展。