套利者和套期保值者都是建立了两个方向相反的交易部位，在对冲之后，用一个交易部位的盈利弥补另外一个交易部位的亏损。但是，套利交易和套期保值有着根本的区别，主要表现在以下几个方面：
两者的目的不同
套利交易的主要目的是在承担较小风险的同时，获得较为稳定的利润。而套期保值的目的是转移市场风险，并不以盈利为目的。在很多套期保值的成功案例中，期货部位往往是亏损的，但只要期货与现货两个市场的盈亏基本相抵，就达到了套期保值锁定风险的目的。
两者的基础不同
套期保值者一般是在现货市场上持有头寸，或者预期将持有现货头寸，因而在期货市场上建立反向的期货头寸以管理现货风险，也就是说，如果没有现货市场的交易需求，就不会持有期货部位。而套利则不同，其所持有的多头部位、空头部位以及现货部位都是套利交易的一部分，套利者从这些头寸的相对价格差异中获得利润。
两者涉及的市场范围不同
套期保值只涉及现货和期货两个市场。而在套利交易中，交易者既可在期货和现货市场同时操作进行期现套利，也可仅在期货市场进行套利：或在同一品种不同交割月之间进行跨期套利，或在不同品种同一交割月之间进行跨品种套利，或在不同的期货市场之间进行跨市场套利。
两者的依据不同
套期保值依据的是期货市场和现货市场价格变动的一致性，并且变动的趋势、幅度越一致，套期保值的效果越好；而套利交易者利用的期货与现货之间，或者期货合约之间的价格出现的不合理偏差来获取套利利润的，并且这种不合理的价差越大，套利交易的利润就越大。