2012年，自治区公共财政预算收入(2012年起，根据财政部相关规定，原“一般预算收入”调整为“公共财政预算收入”，科目内容未做调整)909.1亿元，比2011年增加188.7亿元，增长26.2%，公共财政预算支出(2012年起，根据财政部相关规定，原“一般预算支出”调整为“公共财政预算支出”，科目内容未做调整)2719.7亿元，比2011年增加435.2亿元，增长19.1%。
“从新疆财政增长速度看，2012年的增速可谓历史上最快的时期，但是收入总量依然较小，自我发展能力较弱，自给率不足一半，暴露出我区财政收支矛盾比较尖锐的问题。”自治区政协委员、民盟新疆区委会副主委、新疆财经大学财务处处长苏斌教授说。
将2012年自治区公共财政预算收入与公共财政预算支出进行比较后，不难发现，2012年我区财政自给率不足4成，约为33%。
长期以来，新疆大部分县级财政收不抵支，年年赤字，工资性支出过大，公用经费严重短缺。
新疆地方财政支出大于收入，不足部分由中央财政转移支付来补足。自治区专家顾问团专家汤一溉说：“为给新疆经济持续健康发展提供保障，2010年以来，中央财政逐年加大对新疆转移支付力度，2010年，中央对新疆财政转移支付1125亿元，2011年这一转移支付约达1430亿元，新疆与全国相比，获得中央转移支付力度名列全国前茅。”
自治区财政厅副厅长陈春平在28日自治区人大财经委员会审查计划和预算报告时也明确指出，2012年，自治区财政在争取上级财政补助方面付出了很多努力，去年，中央财政对我区转移支付达1715.4亿元，高于中央财政对全国各地转移支付平均水平4个百分点。
“中央财政对新疆转移支付力度加大，体现了中央财政在维护中央支出后，调剂全国贫富地区发展结构的特性，也体现出了中央新疆工作座谈会后，中央对于新疆给予了更大力度的支持”，自治区政协委员、自治区财政厅财政科学研究所所长姜爱玲表示。
在获得中央财政补助后，自治区本级财政对我区各地的补助也在增加，2012年，自治区本级对各地补助1276.3亿元，比2011年增加237.3亿元，增长22.4%。据统计，2012年我区各地支出63.8%来源于自治区补助，其中南疆三地州支出89%来源于自治区补助。自治区对各地补助较大的原因是2012年自治区统筹提高各类人员收入水平，同时中央财政下达的专项转移支付大部分拨付各地。