2013年1月起，南京市将取消公费医疗制度，所有机关事业单位全部参加职工医保，实现机关事业人员和企业职工基本医疗保险统一制度政策、统一参保缴费、统一缴费比例、统一待遇标准、统一经办流程、统一医疗服务。
据介绍，目前南京有参加企业职工医保人员330万名，有约20万名机关事业单位人员享受公费医疗。公费医疗制度改革后，机关事业单位参保人员将和企业参保职工一样在定点医疗机构和定点零售药店持卡就医、购药，按照职工医保和大病医疗救助的相关政策规定享受相应的待遇。同时，根据国家和江苏省相关规定，各参保单位可在参加职工医保外，另行建立单位补充医疗保险。
此前，江苏省除南京以外的其他12个省辖市已取消公费医疗。