财政部9月29日刊发的《关于调整铁路运输企业税收收入划分办法的通知》(财预(2012)383号)显示，从2012年1月1日起，铁路运输企业税收收入划分方式重新调整。
其中，铁道部集中缴纳的铁路运输企业营业税(不含铁路建设基金营业税，下同)、城市维护建设税、教育费附加由中央收入调整为地方收入，铁道部集中缴纳的铁路建设基金营业税仍作为中央收入。
而铁道部集中缴纳的铁路运输企业所得税(含中铁快运股份有限公司缴纳的企业所得税)由中央与地方按照60:40的比例实行分享。
跨省(自治区、直辖市，下同)合资铁路企业缴纳的营业税、城市维护建设税、教育费附加为地方收入。企业所得税由中央与地方按照60:40的比例实行分享。
铁道部集中缴纳的铁路运输企业营业税、城市维护建设税、教育费附加和企业所得税地方分享40%部分，由中央财政按照各省、自治区、直辖市铁路客、货运周转量，客、货运发送量等因素所占比例在地区间分配，分配比例每两年根据上述因素变化情况进行调整。相关因素权重为：客运周转量占36%，货运周转量占54%，客运发送量占4%，货运发送量占6%。
跨省合资铁路企业缴纳的营业税和地方分享的所得税收入，按照相关省份铁路客、货运周转量和运营里程等因素所占比例在相关地区分配，分配比例每两年根据上述因素变化情况进行调整。相关因素权重为：客运周转量占28%，货运周转量占42%，运营里程占30%。
具体执行方面，2011年度及以前铁道部集中缴纳的铁路运输企业超缴、欠缴和漏缴的营业税、企业所得税(含中铁快运股份有限公司缴纳的企业所得税)、城市维护建设税和教育费附加，按照新的中央与地方收入划分和地方收入分配办法执行。
而2012年铁道部已经集中缴入中央国库的铁路运输企业营业税、城市维护建设税、教育费附加和地方分享的企业所得税(含中铁快运股份有限公司缴纳的企业所得税)，由财政部、中国人民银行按照核定的分配比例调整为各地方收入。
对2012年已经就地缴入注册地国库的跨省合资铁路营业税和企业所得税(地方分享40%部分)中，按照中央财政核定的比例应属于其他省市分享的部分，年终结算时，由注册地财政上解中央财政，再由中央财政分配到相关地区。
已经达成跨省分配协议的合资铁路税收，可按照明确后的跨省合资铁路收入分享入库办法执行。
当年新投入运营的跨省合资铁路，其缴纳的税收暂按里程因素所占比例在相关地区分配，第二年开始按照相关省份铁路客、货运周转量和运营里程等因素所占比例在相关地区分配。
《通知》称，以上调整的目的是理顺铁路运输企业税收收入划分，妥善处理地区间利益分配关系，做好铁路运输企业税收收入的征缴入库和分配管理工作。